Allestito nelle ampie sale al primo piano dell’Episcopio raccoglie un’eredità storica e culturale che si identifica profondamente nella radice cristiana della comunità barese e la propone al visitatore attraverso un percorso carico di suggestione. La collocazione fisica del Museo riporta il visitatore all’interno dell’antico polo culturale e religioso della cristianità latina della Cattedrale e dell’Episcopio. La visita si articola in cinque sezioni: lapidario, pinacoteca, tesoro, paramenti sacri e i caratteristici rotoli degli Exultet. Inoltre è a disposizione un centro di documentazione costituito da biblioteca specializzata e documentazione d’archivio.

Il Museo Diocesano di Bari voluto da mons. Mariano Magrassi con la erezione del 7 giugno 1981, si ritrova in una nuova fase di ampliamento e allestimento per l’intero primo piano del Palazzo Arcivescovile, secondo gli orientamenti culturali diocesani di mons. Francesco Cacucci.